總承包企業與專業分包企業(分包方)通過簽訂專業分包合同確定雙方的合作關系，施工過程中 通過驗工計價進行結算和支付，在營業稅下專業分包企業一般均能提供建筑業統一發票。在“營改增”后，專業分包企業也能提供稅率為11%的建筑業增值稅專用 發票，總承包企業可據此抵扣進項稅。但是，基于專業分包內容及結算特點，“營改增”后對施工總承包企業仍存在影響。
影響：
一是分包結算滯后導致進項稅抵扣不及時。總包方和分包方之間存在驗工計價滯后或工程款拖欠等情況，導致分包方不能及時驗工計價并拿到已完工程計價款，造成總包方不能及時取得分包方開具的增值稅專用發票，從而不能及時抵扣進項稅，總包方要墊付本該抵扣的增值稅，造成前期資金壓力較大。
二是分包成本中材料、設備部分的進項稅抵扣不足。專業分包中包含大量的材料、設備，相關進項稅由分包方抵扣，分包方一般可抵扣17%的進項稅，而總包方取得其開具的建筑業增值稅專用發票只能按11%的稅率抵扣進項稅，與直接采購相比，少抵扣6%的進項稅。
對策
一是加強分包結算管理，按合同約定及時辦理驗工計價手續，并取得分包方開具的增值稅專用發票。一 方面，總包方在與專業分包方簽訂的專業分包合同中，堅持先開票后付款的原則，明確分包方提供發票的類型、適用稅率及提供時間等，并約定分包方必須在驗工計 價確認后一定時間內開具增值稅專用發票，總包方在取得發票后，再向其撥付驗工計價款。另一方面，總包方要嚴格按合同約定及時對分包方現場已完工程進行驗 收、計價，杜絕驗工計價滯后及價款拖欠現象，避免分包方因總包方原因造成發票開具不及時。
二是加強分包合同價格管理，考慮物資設備的可抵扣進項稅，合理確定分包合同價格。專 業分包中的材料、設備所占比重較大，且分包方在“營改增”后基本上是增值稅一般納稅人。對分包方而言，如果能取得稅率為17%的分包工程的材料和設備增值 稅專用發票，則其進項稅抵扣率就為17%，高于銷項稅的適用稅率11%，與營業稅相比，分包方的材料和設備成本將有較大幅度降低。因此，總包方在專業分包 時，應充分考慮分包合同中材料、設備的進項稅抵扣因素，提前測算分包方由于進銷項稅率差而多抵扣的進項稅，從而確定合理的分包價格區間，在與分包方進行合 同價格談判時，合理的降低分包單價，適當彌補由于進項稅抵扣率降低帶來的損失。或者對分包工程中的主要材料、設備采取總包方供應的方式，由總包方直接采購 并取得17%的增值稅專用發票，抵扣較高的進項稅。
除了具有勞務分包資質的勞務分包外，現場還大量存在勞務派遣、內部作業層隊伍、掛靠隊伍等形式的勞務分包。這些勞務分包形式，在“營改增”后對施工總承包企業存在影響。
影響：
一是對勞務派遣形式的影響。勞務派遣是總承包企 業與具有勞務派遣資質的勞務企業簽訂勞務派遣協議，由勞務公司派遣勞務人員到總承包企業項目部進行勞務作業。這種形式下，勞務派遣企業不具備建筑施工資 質，在“營改增”后，勞務派遣企業不能開具建筑業增值稅專用發票，總承包企業因不能取得增值稅發票而無法對這部分勞務分包成本抵扣進項稅，在一定程度上增 加了總承包企業的增值稅稅負。
二是對綜合作業隊、專業作業隊形式的內部作業隊伍的影響。目 前，總承包企業為了培養自己的作業層隊伍及規避勞務用工風險，成立了綜合作業隊、專業作業隊等內部作業隊，在項目部承擔急、難、險、重施工任務。內部作業 層隊伍形式的勞務分包，由項目部與隊伍簽訂內部經濟承包協議，以工資單形式結算和支付。因隊伍自身未取得國家工商行政注冊，且無相關的資質證照，因此，就 不能開具增值稅專用發票，總包方也就不能抵扣進項稅。
三是對掛靠隊伍的影響。所謂掛靠隊伍，是指作業隊伍掛 靠于某個身份合法且具有勞務分包資質的施工企業，并以該企業名義在總承包企業承擔勞務分包任務。總承包企業與被掛靠企業簽訂勞務分包合同，并取得被掛靠企 業開具的發票，但分包價款由總承包企業直接支付給掛靠隊伍，收款方與合同主體、發票開具主體不一致。這種形式下，造成業務流、資金流、發票流“三流不合 一”，給總承包企業帶來了法律風險和后期的審計風險。
對策：
一是加強勞務分包方準入和選用管理。總承包企業要建立并規范勞務分包方準入制度，根據分包方的資質、規模及其組織形式確定其納稅人身份，并建立“合格分包方名錄”。根據項目施工生產需要，通過招(議)標方式選擇分包方，優先選用“合格分包方名錄”中能夠開具增值稅專用發票的分包方。
二是通過勞務分包模式規范勞務派遣和內部勞務分包管理。總 承包企業可以參股成立施工勞務企業，或者與外部成熟的施工勞務企業建立合作關系，將勞務派遣轉換成由施工勞務企業承擔的勞務分包。對于內部勞務分包，可由 施工勞務企業向綜合作業隊、專業作業隊等內部作業層隊伍提供勞務資源和班組，并與總包方簽訂勞務分包合同，總包方在分包合同中充分考慮將部分預計不能取得 增值稅專用發票的材料費、設備租賃費等納入勞務分包范圍，由施工勞務企業向總包方開具增值稅專用發票，從而抵扣進項稅。
三是規范掛靠隊伍承擔施工任務。對于名為身份合法勞務 分包隊伍，實為掛靠分包隊伍的，總包方應按照稅法、財務等方面管理規定，規范合同、發票、資金及核算管理，與被掛靠方簽訂分包合同，辦理驗工計價手續，將 計價款打至被掛靠方的銀行賬戶，由被掛靠方向總包方開具建筑業增值稅專用發票，以滿足增值稅下業務流、資金流、發票流“三流合一”的要求，從而取得合法有 效的增值稅發票，實現進項稅抵扣。同時，總包方也可規避勞務分包法律風險和后期的審計風險。（中國建筑業協會）
影響：
一是分包結算滯后導致進項稅抵扣不及時。總包方和分包方之間存在驗工計價滯后或工程款拖欠等情況，導致分包方不能及時驗工計價并拿到已完工程計價款，造成總包方不能及時取得分包方開具的增值稅專用發票，從而不能及時抵扣進項稅，總包方要墊付本該抵扣的增值稅，造成前期資金壓力較大。
二是分包成本中材料、設備部分的進項稅抵扣不足。專業分包中包含大量的材料、設備，相關進項稅由分包方抵扣，分包方一般可抵扣17%的進項稅，而總包方取得其開具的建筑業增值稅專用發票只能按11%的稅率抵扣進項稅，與直接采購相比，少抵扣6%的進項稅。
對策
一是加強分包結算管理，按合同約定及時辦理驗工計價手續，并取得分包方開具的增值稅專用發票。一 方面，總包方在與專業分包方簽訂的專業分包合同中，堅持先開票后付款的原則，明確分包方提供發票的類型、適用稅率及提供時間等，并約定分包方必須在驗工計 價確認后一定時間內開具增值稅專用發票，總包方在取得發票后，再向其撥付驗工計價款。另一方面，總包方要嚴格按合同約定及時對分包方現場已完工程進行驗 收、計價，杜絕驗工計價滯后及價款拖欠現象，避免分包方因總包方原因造成發票開具不及時。
二是加強分包合同價格管理，考慮物資設備的可抵扣進項稅，合理確定分包合同價格。專 業分包中的材料、設備所占比重較大，且分包方在“營改增”后基本上是增值稅一般納稅人。對分包方而言，如果能取得稅率為17%的分包工程的材料和設備增值 稅專用發票，則其進項稅抵扣率就為17%，高于銷項稅的適用稅率11%，與營業稅相比，分包方的材料和設備成本將有較大幅度降低。因此，總包方在專業分包 時，應充分考慮分包合同中材料、設備的進項稅抵扣因素，提前測算分包方由于進銷項稅率差而多抵扣的進項稅，從而確定合理的分包價格區間，在與分包方進行合 同價格談判時，合理的降低分包單價，適當彌補由于進項稅抵扣率降低帶來的損失。或者對分包工程中的主要材料、設備采取總包方供應的方式，由總包方直接采購 并取得17%的增值稅專用發票，抵扣較高的進項稅。
除了具有勞務分包資質的勞務分包外，現場還大量存在勞務派遣、內部作業層隊伍、掛靠隊伍等形式的勞務分包。這些勞務分包形式，在“營改增”后對施工總承包企業存在影響。
影響：
一是對勞務派遣形式的影響。勞務派遣是總承包企 業與具有勞務派遣資質的勞務企業簽訂勞務派遣協議，由勞務公司派遣勞務人員到總承包企業項目部進行勞務作業。這種形式下，勞務派遣企業不具備建筑施工資 質，在“營改增”后，勞務派遣企業不能開具建筑業增值稅專用發票，總承包企業因不能取得增值稅發票而無法對這部分勞務分包成本抵扣進項稅，在一定程度上增 加了總承包企業的增值稅稅負。
二是對綜合作業隊、專業作業隊形式的內部作業隊伍的影響。目 前，總承包企業為了培養自己的作業層隊伍及規避勞務用工風險，成立了綜合作業隊、專業作業隊等內部作業隊，在項目部承擔急、難、險、重施工任務。內部作業 層隊伍形式的勞務分包，由項目部與隊伍簽訂內部經濟承包協議，以工資單形式結算和支付。因隊伍自身未取得國家工商行政注冊，且無相關的資質證照，因此，就 不能開具增值稅專用發票，總包方也就不能抵扣進項稅。
三是對掛靠隊伍的影響。所謂掛靠隊伍，是指作業隊伍掛 靠于某個身份合法且具有勞務分包資質的施工企業，并以該企業名義在總承包企業承擔勞務分包任務。總承包企業與被掛靠企業簽訂勞務分包合同，并取得被掛靠企 業開具的發票，但分包價款由總承包企業直接支付給掛靠隊伍，收款方與合同主體、發票開具主體不一致。這種形式下，造成業務流、資金流、發票流“三流不合 一”，給總承包企業帶來了法律風險和后期的審計風險。
對策：
一是加強勞務分包方準入和選用管理。總承包企業要建立并規范勞務分包方準入制度，根據分包方的資質、規模及其組織形式確定其納稅人身份，并建立“合格分包方名錄”。根據項目施工生產需要，通過招(議)標方式選擇分包方，優先選用“合格分包方名錄”中能夠開具增值稅專用發票的分包方。
二是通過勞務分包模式規范勞務派遣和內部勞務分包管理。總 承包企業可以參股成立施工勞務企業，或者與外部成熟的施工勞務企業建立合作關系，將勞務派遣轉換成由施工勞務企業承擔的勞務分包。對于內部勞務分包，可由 施工勞務企業向綜合作業隊、專業作業隊等內部作業層隊伍提供勞務資源和班組，并與總包方簽訂勞務分包合同，總包方在分包合同中充分考慮將部分預計不能取得 增值稅專用發票的材料費、設備租賃費等納入勞務分包范圍，由施工勞務企業向總包方開具增值稅專用發票，從而抵扣進項稅。
三是規范掛靠隊伍承擔施工任務。對于名為身份合法勞務 分包隊伍，實為掛靠分包隊伍的，總包方應按照稅法、財務等方面管理規定，規范合同、發票、資金及核算管理，與被掛靠方簽訂分包合同，辦理驗工計價手續，將 計價款打至被掛靠方的銀行賬戶，由被掛靠方向總包方開具建筑業增值稅專用發票，以滿足增值稅下業務流、資金流、發票流“三流合一”的要求，從而取得合法有 效的增值稅發票，實現進項稅抵扣。同時，總包方也可規避勞務分包法律風險和后期的審計風險。（中國建筑業協會）